單細胞測序分析
服務(wù)簡介
隨著現(xiàn)代生物學的發(fā)展，以組織或細胞群體為研究對象，分析多種細胞的平均基因表達水平已經(jīng)不能夠滿足科研需求。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細胞水平對全轉(zhuǎn)錄組進行擴増與測序的一項新技術(shù)。10 x Genomics的Chromium Controller是基于流控技術(shù)的單細胞文庫制備系統(tǒng)，可以同時獲得100-80，00以上的單細胞，制備文庫和Illumina平臺兼容，通過測序?qū)崿F(xiàn)對高通量單細胞數(shù)據(jù)進行細胞群體的分類以及細胞群體間基因表達的差異分析。10 Xgenomics單細胞表達分析可應(yīng)用的細胞類型眾多，如腫瘤細胞、免疫細胞、干細胞、神經(jīng)細胞、生殖細胞、胚胎細胞等。是研究腫瘤異質(zhì)性，免疫細胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。
t-SNE分析
tSNE:t分布領(lǐng)域嵌入算法，讀作“Tee-Snee”，它只在用于已標記數(shù)據(jù)時才真正有意義，可以明確顯示出輸入的聚類狀況。主要思想就是，將高維分布點的距離，用條件概率來表示相似性，同時低維分布的點也這樣表示。只要二者的條件概率非常接近(用相對熵來訓練，所以需要 label)，那就說明高維分布的點已經(jīng)映射到低維分布上了。
擬時間線分析
擬時( pseudotime)分析，又稱細胞軌跡( cell trajectory)分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻率較高。主要基于關(guān)鍵基因的表達模式，在擬時間對單個細胞進行排序，模擬出時間發(fā)育過程的動態(tài)變化�？梢詫λ屑毎捶只瘮M時間進行細胞軌跡可視化，也可以對不同細胞亞群或樣本進行可視化。 |
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